Die ursprüngliche Ortsform ist heute kaum mehr erkennbar. Es dürfte ein von einer Festung  überragter Weiler am Fuß des 411 m hohen Hagenberges gewesen sein. Die seit der Mitte des 13. Jahrhunderts bestehende Festung war ein strategisch wichtiger Punkt im Wiental. Von einem Erdwall umgeben, stand sie an der Stelle des später dort errichteten Schlosses, wo sich heute das Jugendgästehaus befindet. Sie bot bis zur ersten Türkenbelagerung auch für die Bewohner von Hütteldorf Zuflucht. Am 10. 7. 1515 nächtigte in ihr, von Augsburg kommend, Kaiser Maximilian.

Eine Erweiterung des Weilers Hacking erfolgte zeilenmäßig entlang der Auhofstraße und fand ihren Abschluss bei der Nikolai- bzw. Eustachiuskapelle.

Es gibt wenige Quellen über die Geschichte des Ortes. Nur über die Festung und ihre Besitzer ist einiges überliefert.

In das Jahr 1156 fällt die erste Erwähnung "de Hakkingin".  Heinrich Weigl leitet die Bezeichnung von einem Personennamen "Haggo" ab.  Das Geschlecht derer von Hacking gehörte zu den Gefolgsleuten der Babenberger und unterstützte sie bei der Erwerbung dieses Gebietes.

Im 14., 15. und 16. Jahrhundert vergaben die Habsburger das Lehen Hacking. 1388 erhielt Hertlein von Herzogbierbaum den Ort als Lehen von Albrecht III., 1411 Hans Stupfenweicher von Albrecht V., 1494 war Nikolaus Zwittar Lehensträger, 1506 Niklas Prundler. In einer Urkunde  aus dem Jahr 1620 ist vermerkt, dass das "Gut Hagging an der Wien" seit alters ein "Kaiserliches und Landesfürstliches Lehen" war. Es ist "an die röm. Kaiserl. und Königl. Majestät Maximilian I. und Ferdinand eigentümlich gekommen, durch den Kaiserl. Pfleger verwaltet, samt allen Ein- und Zugehörigen innegehabt und regiert worden, weiter von Kaiserl. Maj. Ferdinand zu Lehen gemacht und von Wilhelm Putscher geliehen" und schließlich an Sebastian Portinger bis zu dessen Tod, 1546, vergeben worden. Zu dieser Zeit lagen am Hagenberg (auch Hackingberg) sechs Weingärten, zwei davon am Ostabhang.

Bei den Türkeneinfällen 1529 wurde die Feste zerstört, die Grundmauern standen öde bis 1535. In diesem Jahr, als der königliche Rat und Sekretär Wilhelm Putsch in Anerkennung seiner Verdienste die Anlage als Lehen erhielt, wurde ihm ein Betrag zur Eindeckung der Burg bewilligt.

1546 kam Hacking an Heinrich Wolfgang Kneißl, dessen Nachkommen den Ort bis 1591 besaßen. Um 1654 ist für Schloss und Gut Hacking der Hofkammersekretär und spätere Universitätsprofessor Johann Carl von Aichbühel als Besitzer genannt, für 1682 Christoph Ignaz Freiherr von Abele von und zu Lilienberg.

Nach 1683 verfiel die Festung.

Ursprünglich war der Ort pfarrmäßig geteilt. Eine Hälfte unterstand der Pfarre St. Veit, die andere der Pfarre Penzing. 1663 bewilligte Bischof Friedrich Philipp Graf Breuner auf Bitte von zwölf Hausbesitzern in Hacking die Umpfarrung nach St. Veit, weil diese gewohnt waren, wegen des kürzeren und gefahrloseren Weges – es musste nicht mehr die bisweilen Hochwasser führende Wien überquert werden – dort dem Gottesdienst beizuwohnen.

Die Nikolaikapelle im Lainzer Tiergarten gehörte im 14. Jahrhundert zur Pfarre Hütteldorf. Ihre erste Erwähnung fällt in das Jahr 1321 als "(...) sand Nichlas chapelle auffe leit (...)".  Stilistische Merkmale weisen in die Zeit um 1200; sie ist also das älteste Gebäude in der weiteren Umgebung.

Nach neuesten Forschungsergebnissen  lag 150 m südlich der Kapelle, im Quellgebiet der Nikolaiwiese, bereits im zweiten Jahrhundert n. Chr. eine römische Ansiedlung, die Hofgröße kaum überschritten haben dürfte. An derselben Stelle sind von der Mitte des 11. bis in die Mitte des 13. Jahrhunderts Siedlungsspuren nachweisbar; sie gehören zu einer Ausgangssiedlung für den Bau und die Versorgung der bewohnten, hausbergartigen Wehranlage direkt bei der Kapelle. Vom 14. Jahrhundert bis in die erste Hälfte des 16. Jahrhunderts befand sich in diesem Bereich noch immer oder wieder eine Ansiedlung - St. Nichlas -, die durch schriftliche Quellen  belegbar ist. Es handelte sich um einen Herrensitz mit Meierhof und Nebengebäuden. Mit großer Wahrscheinlichkeit wurde die Anlage zur Zeit der Türkeneinfälle um 1530 zerstört.

Ein Wasserreservoir, das Hacking versorgte und durch Quellen am Hagenberg gespeist wurde, befand sich in der Nähe der heutigen Erzbischofgasse.

1752 zählte der Ort 25 Häuser.

Maria Theresia ließ 1762 eine Maulbeerpflanzung zur Förderung der Seidenindustrie anlegen und gestattete dem Hofrat von Froidevaux die Benützung derselben für seine Versuche. Durch die Wiedererwerbung von Oberitalien und die damit verbundene übermächtige Konkurrenz verlor diese Industrie aber an Bedeutung.

Um 1770 waren u. a. ein Schuster, ein Schneider, ein Weber- und ein Ledermeister tätig.

1778  erwarb nach Verhandlungen, die vier Jahre dauerten, der Deutsche Ritterorden unter seinem Landkomtur Karl Graf Colloredo Hacking von Ludwig von Hacque, der 1763 als Herr der Herrschaft von Hacking erwähnt wird.

Sein Vater, der Wirkliche Kaiserliche Kammerrat Peter von Hacque, besaß 1717 den Ort. Das Geschlecht stammte aus den Spanischen Niederlanden.

Ein kleiner Teil der Gemeinde mit einer Mühle und einer Lederei lag am linken Wienufer; nur die Reste des Gasthofes "Zum Deutschen Orden" und die Deutschordenstraße erinnern heute noch an den ehemaligen Besitzer, dem Teile von Hacking bis in die siebziger Jahre des 19. Jahrhunderts gehörten.

Auf dem Anteil Hackings am linken Wienufer sind spätestens seit 1724  Manufakturen nachweisbar. Eine Lederei wurde schon vor 1684  errichtet. Der Mühlbach, an dem sie lag, wurde vom Mauerbach abgeleitet, floss ostwärts parallel zur Wien, überquerte in einem Trog den Halterbach, nahm in Hütteldorf den Rosentalbach in sich auf und mündete etwa an der Stelle des heutigen Preindlsteges in die Wien, die hier aufgestaut war. Von diesem Stauwasser wurde ein weiterer Mühlbach an der rechten Wienseite gespeist, der die Feldmühle und in der Folge die Faistenmühle, Schleifmühle und Steyrermühle antrieb.

Einen Teil des Hackinger Ledereibetriebes erwarb 1830  in einer Versteigerung der k. u. k. Cottondruckfabrikant Franz Maurer. Er stattete die ehemals an der Ecke der heutigen Hackinger Straße/Deutschordenstraße gelegene Kattunmanufaktur mit 35 Drucktischen aus und baute eine Bleicherei an. 1831 wurde die Zitz- und Kattunmanufaktur mit einer Walzendruckmaschine ausgerüstet. 1846 kaufte Gustav Seidel (1880-87 Bürgermeister von Hacking) die Anlage und richtete eine Baumwoll- und Seidenfärberei mit Merzerisieranstalt zur Veredelung der Wolle ein.

Ein 1830 erneuerter Holzsteg über die Wien an der Stelle der heutigen Zufferbrücke verband die beiden Ortsteile und schuf eine Verbindung zur Linzer Straße, dem bedeutendsten Verkehrsweg nach Westen. Vor dem Neubau des Steges führte bereits um 1820 an dieser Stelle ein einfacher Übergang aus Holz über den Wienfluss. Am 8. 7. 1878 wurde die "Franz Karl-Brücke" eröffnet, welche den Steg und die seit alters her benützte Furt ersetzte. Die Brücke wurde nach Erzherzog Franz Karl (1802–78), dem Vater des späteren Kaisers Franz Joseph, benannt. Seit 1934 heißt sie "Zufferbrücke" nach dem Brückenbauingenieur Josef Zuffer (1850–1909).

Der Bau der Westbahn, die am 15. 12. 1858 den Betrieb aufnahm, erforderte Grundstücksabtretungen auf der linken Wienseite.

1854/55 bis 1898 befand sich an der Stelle der zwischen 1898 und 1900 errichteten Häuser Auhofstraße 186 a–e ein öffentliches Freibad.

In Hacking ist das bauliche Erbe der Biedermeiersommerwohnungen und -häuser zum Teil besser erhalten als in Ober-St. Veit. 1826 schreibt J. G. Seidl, dass sich unter den 35 Häusern "einige recht niedliche Landhäuser"  befänden. Wegen der Einengung der Siedlungsfläche durch den Tiergarten und den Wienfluss wurde jedoch die weitere bauliche Entwicklung eingeschränkt.

Lediglich in der Auhofstraße und am Nordhang des Hagenberges, z. B. in der Vinzenz-Heß-Gasse und Schloßberggasse, stehen einige Gründerzeit- und Jugendstilvillen.

Für das Ortsbild prägend ist die 1885/86 errichtete Dominikanerinnenkirche in der Schloßberggasse 17. An sie schließen Kloster und Schulgebäude an.

1887 kaufte Univ. Prof. Dr. Moritz Rosenthal von Alfred Biedermann die Liegenschaft Seuttergasse 6 und Auhofstraße 189 und damit die ehemaligen Häuser mit den Konskriptionsnummern 23, 24 und 136 sowie diverse Grundstücke.

Rosenthal ließ 1888 von Stadtbaumeister Wilhelm Klingenberg auf das ebenerdige Haus in der Auhofstraße 189 ein Stockwerk aufsetzen, fügte einen Neubau im rechten Winkel zum Altbestand an und adaptierte das Gebäude für ein "Sanatorium für Nervenleidende". Das noch bestehende Haus in der Seuttergasse wurde ebenfalls aufgestockt und adaptiert, in ihm waren u. a. ein Speisesaal und eine Veranda untergebracht. Die kleine Kapelle im Parterre war einstmals auch für Gottesdienste öffentlich zugänglich.

Nach einer Werbeschrift aus dem Jahr 1888 hatte das in einem vier Joch großen, schattigen Garten gelegene Sanatorium 24 kleinere und größere Zimmer, einen Speisesaal, Spielzimmer, Lesezimmer und eine verglaste, zum Park gerichtete Veranda.

1908/09 ließ Dr. Robert Rosenthal, der 1905 die Anstalt übernommen hatte, durch Arpád Mogyorosy in der Auhofstraße 189 einen Neubau mit 50 Zimmern errichten, ein "Sanatorium für Nervenkranke mit Ausschluss von Geisteskranken und Epileptischen".

1930 kaufte die "Genossenschaft der Schwestern vom Göttlichen Heiland" (Salvatorianerinnen), heute "Kongregation der Schwestern vom Göttlichen Heiland", die Anlage und richtete in dem Hauptgebäude das "St.-Josefs-Krankenhaus" ein.

1986-88 erweiterten Winfried Pichorner und Oswald Lindenbauer das Krankenhausgebäude, 1989/90 errichteten dieselben Architekten eine neue Kapelle. Dem Erweiterungsbau fiel allerdings das 1907 von Karl Fischl für den Bildhauer Carl Wollek erbaute Atelierhaus zum Opfer.